Голова Первинної профспілкової організації працівників КАІ Сергій Зозуля вимагає від Міністерства освіти і науки публічно підбити підсумки експериментального проєкту автономії, запровадженого постановою Кабміну №1029. За словами Зозулі, університет долучили до експерименту без згоди працівників, що призвело до концентрації управління в руках вузького кола осіб та припинення соціального діалогу. Окремо профспілка вказує на призначення у серпні 2025 року президента вишу без проведення конкурсу, що, на їхнє переконання, суперечить закону про вищу освіту та Статуту.
Адвокат профспілок Ігор Конопліцький повідомив про низку судових справ, зокрема щодо силового виселення профспілки з приміщень у липні та захисту ділової репутації. Раніше Зозуля також заявляв про тиск на працівників та незаконні звільнення. Своєю чергою адміністрація КАІ відкидає звинувачення, наголошуючи, що не може перераховувати профспілкові внески без особистих заяв співробітників, а спроби профспілки провокувати конфлікти вважає намаганням перешкодити університету набути статусу Національного.
