Знищення пускових «Іскандерів» є складним викликом, адже на розгортання та пуск першої ракети комплексу потрібно від 4 до 16 хвилин, а після другого запуску ворог покидає позицію за лічені хвилини. За оцінками Defense Express, ефективна протидія можлива лише при оперативній розвідці, яка дозволяє зафіксувати ціль до моменту пуску. Використання власних балістичних ракет теоретично було б дієвим, проте наразі в Україні їх немає, а поставки ATACMS обмежені.
На сьогодні найрезультативнішими засобами залишаються дрони, попри їхню порівняно низьку швидкість та необхідність близько години на підліт до цілі. Успіх операцій залежить від постійного супроводу пускових, які ворог переміщує, або виявлення місць їхнього дислокування. Зокрема, Сили спеціальних операцій уже демонстрували влучання в установки в укриттях, а у вересні 2025 року було знищено шість машин комплексу на полігоні «Молькіно».
